В 1994 году приказом Минобразования России в ВШЭ была открыта аспирантура по трем научным специальностям: экономическая теория, экономика и управление народным хозяйством, математические и инструментальные методы экономики.

Выбор этих специальностей был обусловлен готовящимся выпуском магистров экономического профиля в ВШЭ. Постепенно увеличивалось количество специальностей аспирантуры, открывались новые по социологии, праву, философии и другим.

Первыми научными руководителями аспирантов были Авдашева С.Б., Энтов Р.М., Гребнев Л.С., Берзон Н.И. , Канторович Г.Г., Якобсон Л.И., Липсиц И.В., Нуреев Р.М., Яковлев А.А. , Косова Т.В.

Первый прием состоялся в 1995 году. В аспирантуру было принято 25 человек, в 1998 году уже 44 человека. Плановый набор в аспирантуру в 2017 году — 340 человек. Подготовка аспирантов в настоящее время осуществляется по 17 направлениям и 64 образовательным программам.

Часть выпускников аспирантуры ВШЭ становятся преподавателями и научными сотрудниками университета.