НИУ ВШЭ первым среди российских университетов создал в 2004 году собственный Научный фонд, использовав аналогичную модель РФФИ и РГНФ. Научный фонд не является юридическим лицом, а действует как специфический внутренний механизм для координации различных форм поддержки академической активности. Он помогает развивать новые исследовательские направления, совершенствовать преподавательскую деятельность, участвовать в конференциях, тем самым способствуя представлению исследовательских результатов в мировом научном сообществе и установлению контактов с российскими и зарубежными университетами.

С момента создания Фонда его возглавляет Евгений Григорьевич Ясин. Исполнительным директором Научного фонда является проректор, курирующий фундаментальные научные исследования в университете. В разные годы это были разные люди. Первым исполнительным директором стал Андрей Яковлев. Сейчас, уже в течение продолжительного времени, эту должность занимает Мария Юдкевич.

Бюджет Научного фонда формируется за счет внебюджетных средств университета с учетом планов по проведению конкретных конкурсов, утверждается отдельной строкой в финансовом плане университета. Ранее в бюджет Фонда закладывались средства на проведение экспертизы проектов, но уже с 2013 года она вылилась в отдельную независимую процедуру, организатором которой выступает Управление академической экспертизы.

Научный фонд осуществляет поддержку академической активности по следующим направлениям:

• индивидуальные исследования;
• коллективные исследовательские проекты в рамках научно-исследовательской группы (НУГ) (трансформирован из старого проекта «Учитель-ученики»);
• поддержка участия сотрудников, аспирантов, студентов в международных научных мероприятиях за рубежом, в России и странах СНГ (трэвел-гранты).

Первые два вида конкурса проходят ежегодно осенью, конкурс по трэвел-грантам — постоянно действующий.

Совет Научного фонда, в состав которого входят научный руководитель НИУ ВШЭ, ректор НИУ ВШЭ и 17 экспертов, принимает все основные решения о предоставлении поддержки по конкретным проектам. В качестве экспертов выступают наиболее авторитетные российские и зарубежные ученые, которые не работают в НИУ ВШЭ, что способствует достижению максимальной объективности. Кроме того, раз в два года происходит ротация до 1/3 состава совета фонда.

Долгое время Научный фонд был единственным инструментом поддержки академической активности внутри университета. В последние годы набор таких инструментов значительно расширился. Исследовательские проекты финансируются в рамках Программы фундаментальных исследований по госзаданию, в рамках международных лабораторий по Программе правительства РФ 5/100 и по грантам Правительства РФ по постановлению №220; проводить исследования можно и в рамках научно-учебных лабораторий. Также существует возможность получения грантов от внешних российских и зарубежных фондов: Российского научного фонда (РНФ), РФФИ, РГНФ.